Училището е създадено на 1 септември 1958 година и е наследник на първото Морско средно рибарско училище, открито през 1921 г. във Варна; по-късно преместено в Созопол и закрито през 1934 г.

Първият прием на ученици е осъществен през 1958 година – 1 паралелка от 35 младежи. В началото училището дава квалификация по „Риболов и рибовъдство“ на завършилите ХІ клас. От 1961 година то става „Техникум по рибарство“. От 1972 година е преименувано в Средно специално училище по морски и океански риболов и военизирано с 5 годишен курс на обучение, девоенизирано през 1987 година.

От 7.04.2003г.  училището носи името Професионална гимназия по морско корабоплаване и риболов „Свети Никола“.

В ПГМКР „Свети Никола“ е въведена Система за управление на качеството (СУК), според изискванията на международния стандарт  ISO 9001:2008.

Училището е носител на орден „Кирил и Методий“ I-ва степен.